Queste scuole, nate in periodi storici diversi, possiedono proprie specialità e caratteristiche: alcune studiano le armi e le strategie degli antichi guerrieri giapponesi, altre invece si focalizzano sullo sviluppo delle abilità fisiche e psichiche dei Ninja.
L'elemento, che permette allo studente Bujinkan di affrontare con successo uno studio così complesso, è il TAIJUTSU (abilità con il corpo), che si compone di tecniche di attacco, prese, leve articolari, proiezioni e strangolamenti. E' un sistema di combattimento che si basa sulla forza del corpo, sulla velocità di reazione, sul movimento e sulla conoscenza dei principi della natura, con un occhio di riguardo allo studio delle armi.
Il Taijutsu Bujinkan si basa sulla libertà. Chi non comprende il valore della libertà, non è in grado di capire le sue tecniche.
Il Programma Tecnico comprende, quindi, tecniche di combattimento a mani nude e armato, strategia, filosofia e storia, ed è concepito in modo tale da proporre un approccio completo ai vari temi:
1. Tai jutsu - Combattimento a mani nude
2. Ken jutsu - Combattimento con la spada
3. Bo jutsu - Maneggio dei bastoni
4. Shuriken jutsu - Tecniche di lancio di lame con forme differenti
5. Yari jutsu - Le lance
6. Naginata jutsu - Le alabarde
7. Kusarigama jutsu - Tecniche con la catena
8. Kayaku jutsu - Tecniche con fuoco
9. Henso jutsu - Arte del travestimento
10. Shinobi iri jutsu - Strategie di spionaggio
11. Ba jutsu - Equitazione
12. Sui Ren jutsu - Tecniche acquatiche
13. Bo-ryaku - Strategia
14. Cho ho - Spionaggio
15. Intonjutsu - escape and concealment
16. Ten mon - Metereologia
17. Chi mon - Geografia
18. Seishin teki kyoyo - Raffinamento spirituale
