All'interno della Bujinkan abbiamo lo studio di 9 antichi ryu marziali o tradizioni marziali passati di generazione in generazione per circa un migliaio di anni. Questi ryu sono di Ninjutsu, e tradizionali koryu (antiche vie marziali). Masaaki Hatsumi, l'attuale Soke (Gran maestro), ha ereditato l'autorità e il titolo di capo scuola di queste nove antiche scuole marziali dal suo maestro Toshitsugu Takamatsu.
- Togakure ryu Ninjutsu
- Takagi Yoshin ryu JuTaiJutsu
- Koto ryu Koppojutsu
- Gyokko ryu Kosshijutsu
- Kumogakure ryu Ninjutsu
- Gyokushin ryu Ninjutsu
- Gikan ryu Koppojutsu
- Shinden Fudo ryu Dakentaijutsu
- Kukishinden ryu Dakentaijutsu
